一年一度的生信技能树单细胞线下培训班火热招生

作为华语圈最大的生物信息学社群创始人，我看过了太多单细胞转录组培训班，但那些培训都没有入门环节，默认学员具备R语言基础和转录组实战经验，直接就开始单细胞特色R包和流程灌输，不接地气，学生吸收效果有限。

而我们生信技能树出品的单细胞线下培训课，结合3天入门培训课(也就是目前全国巡讲的内容)，由浅入深，使学员对linux和R基础有一定的认识后再学习单细胞课程，并支持五天全程班和两天单细胞专题两种报名方式。

时间：2019.7.22 - 7.26（周一到周五）

地点：珠海横琴澳门青年创业谷 17栋培训室B

1.为什么选择我们

“菜鸟第一步，生信技能树”！
生信技能树起源于五年前的博客生信菜鸟团，目前有数万粉丝公众号生信技能树和同名论坛，，是国内最早和最大的生信知识分享团队。创始人Jimmy是五年经验的生信全栈工程师，原创教程1w+，涉及RNA-seq、WES、scRNA-seq、ATAC-seq、WGS、TCGA、GEO等诸多方面，并汇集了优秀的线上线下团队持续学习和分享！ 

课程安排

第1-3天生信入门培训，课程设置等同我们备受欢迎的爆款入门：

• 第一站-重庆  （已结束）

• 粤港澳大湾区专场 （已结束）

• 第二站-济南 （已结束）

• 千呼万唤进北京（已结束）

第4-5天单细胞转录组及基因组文章复现，提前报名拿文章数据资料！

理论上我们精选的3篇文章能代表主流的单细胞研究数据处理：

• 单细胞基因组：http://www.bio-info-trainee.com/4381.html

• Smart-seq单细胞转录组数据：http://www.bio-info-trainee.com/4340.html

• 10X单细胞转录组数据：http://www.bio-info-trainee.com/4089.html

Day1 R语言基础

1. R语言零基础入门

• R语言简介、安装、Rstudio介绍

• R语言基本命令

• R数据类型与数据结构

• R包理解、安装和使用

• 获取帮助、实用学习资源和方法

2. R语言进阶实战

• 读写文件

• R语言作图

• 案例：热图、火山图、主成分分析

• 大样本批量操作技巧

• tidyverse核心

Day2 Linux基础

1. Linux零基础入门

• 服务器登录

• 数据下载与上传

• Linux基础命令

• vim实用技巧

2. Linux进阶及Shell基础数据下载

• 正则表达式

• sh脚本的书写与运行

• 循环脚本的后台提交和进程的管理

• 三大文本处理进阶命令：sed、grep、awk

• fastq准备数据的下载

• aspera高速下载SRA二代测序数据

• fasta、gtf等不同数据的下载

• 常见数据格式的详细讲解

Day3 常规转录组实战

1. 转录组基础与上游分析

• 测序的基本原理

• 转录组相关文章解读

• 结题报告解读

• 数据质控、过滤

• 数据的正误判断

2. 转录组下游分析

• 差异表达矩阵数据过滤

• 差异分析R包的使用

• 差异基因富集分析

• 数据可视化

Day4 单细胞分析part1-转录组

1. 上游分析(Linux部分)

• 读文章，拿数据(分析三篇文章，涵盖主流的10X和Smart-seq2)

• 单细胞基因组文章数据分析复现

• http://www.bio-info-trainee.com/4381.html

• Smart-seq2单细胞转录组数据文章数据分析复现

• http://www.bio-info-trainee.com/4340.html

• 10X单细胞转录组数据文章数据分析复现

• http://www.bio-info-trainee.com/4089.html

• 10X Genomics的cellranger套件详细讲解

• Smart-seq2如何从原始数据到表达矩阵

2. 下游分析(使用R包重现文章主要图表)

• Seurat包

• Monocle包

• Scater包

Day5 单细胞分析part2-基因组

1. 复现文章图片的R语言技巧

2. 单细胞基因组分析 

• 文章测序数据下载
  

• 数据质控、比对

• 比对好的bam文件质控

• 根据bam文件划窗口计算测序深度并去除GC含量的影响

• 图表复现：

• 文章图2：使用DNAcopy计算全局CNV

• 文章图3：单个病人所有细胞的PCA图

• 文章图4：单个病人肿瘤亚群

• 文章图6：单个病人所有细胞的聚类

• 文章图8：全部细胞的tSNE图

课程特点

1. 长期学习，为大家解读目前现有的100篇单细胞CNS文献（见单细胞天地公众号）

2. 10X单细胞转录组数据分析全流程重现

3. 配套Fluidigm C1+SMART-seq2单细胞全套视频课程

4. 市面上唯一的单细胞基因组数据分析，推断拷贝数变异以及探索肿瘤异质性及克隆进化

本课程覆盖转录组、基因组的主流平台及其应用，生信技能树创始人Jimmy亲自授课，2019年仅此一场，错过等明年！

注册费用

课程分为入门基础（3天爆款入门）和2天单细胞实战两部分，价格均为人民币3199元，五天全程参加优惠价是5199元。

如果只报名单细胞转录组和基因组实战，需要证明自己的R语言水平，一个很简单的考核，链接如下：

• http://www.bio-info-trainee.com/4458.html

如果需要包餐包住，报名时备注好，住宿和餐饮需要协调，可以加入发票里面方便学员使用经费报销。

报名方式

还等什么，名额有限，赶快扫描下方二维码，微信添加小助手抓紧时间报名吧！

培训会场环境

会场地处粤港澳大湾区的横琴自贸区，临近珠海长隆度假区，与澳门隔濠江相望，气候宜人，环境优美。